关于动物本能和自然选择作用的关系，有人认为：“构造和本能的变异必定是同时发生的，而且是彼此密切协调的，否则一方面起了变异，另外一方面不立刻起相应的变化，必将引出不幸的后果”。
这种异议是建立在假设构造和本能的变化是突然发生的基础上，而事实上这些都是渐变的。以大山雀为例，这种鸟常在紫杉上用双足夹住种子，再用嘴啄取它的核仁。自然选择保存了一切有关嘴形的微小变异，使该鸟越来越适合啄破种子，直到一种嘴的构成，像鸸嘴那样地适合这种目的，同时它的习惯或者强制、或者嗜好的自发变异，也使得这种鸟逐渐成为取食种子的鸟类。
必须承认，有许多很难解释的本能，都可以作为反对自然选择的依据：例如有些情形，我们是不明白本能是怎么起源的；有些情形，我们不知道有中间阶段的存在；有些本能是这样的不重要，以至于很难使得自然选择对它们发生作用；还有些本能，与在自然系统上相距极远的动物的本能竟然是几乎相同的，导致我们不能用出自共同祖先的遗传来解释，只好认为是分别地通过自然选择而被独立地获得的。
另外，昆虫社会中的中性不育的雌虫，几乎是达尔文自然选择学说的一个致命伤，因为这些中性虫的本能和构造，常和雄体和能育雌体有很大差异，可是由于不育，它们是不能繁殖本类的后代的。
