根据达尔文的学说，这些近缘的物种必定是由同一个祖先（祖种）而来的。不过在变化的过程中，因为各自要适应当地的生活条件，所以就把它原来的“祖型”以及现在和过去之间一切的过渡变种都一起排挤了，最终使之灭亡。因此，我们应该不能去期望目前在某一地域内可以找到无数的过渡变种，虽然这些过渡变种曾经在那里出现过，并且可能已经埋入地下成为化石。但是在具有中间性生活条件的交接区域内，为什么时至今天我们也总是找不到那些中间性的过渡变种呢？对于这个非常困难的问题（这也是反进化论者最常用的证据），达尔文给了我们一些可供参考的思路。

    首先，不能因为一个地域现在是连续的，就断定它过去也是连续的。地质学告诉我们，大多数大陆在第三纪的后期分裂成为了许多岛屿。在这些岛屿上，许多特殊的物种各自分别独立，没有中间类型在中间地带存在的可能性。即使现在连续的海面，由于地形与气候的变迁，在并不久远的过去，也往往不是现在的样子。

    两个代表物种的中间区域，如果与它们分布的“本部”相比较都十分的狭窄，而且在高山地区，经常可以看见一个物种突然消失。这些情况使得我们认为，气候和其他物理生活条件并不是决定物种是否存在的主要因素，换言之，不是说物理环境适宜一个物种的生存，这个物种就能够生存下来。一个物种能否存在关键要看它和其他物种之间的关系。