前面已经反复阐述过，自然选择的作用仅在于保护有利的变异而非全部的变异，所以在那些被丰富物种充塞的地域内，每一个新的类型都有一种倾向，即想把它自己的、改进较少的原有类型以及其他与它竞争而正处于不利位置的类型排挤并最终消灭掉。所以，物种的灭绝和自然选择是伴生或者说是并进的。这样如果认为每一物种，是从一个未知的类型所传衍而来的，那么恰好就是在这个新类型（也就是现在的该物种）的形成和改善过程中，它的亲种和其他过渡变种往往就被消灭掉了。

    依据这种理论的话，无数的、大量的过渡类型变种就应该曾经存在过，尽管它们今天已经被消灭。而所谓“被消灭”的意思是指我们现在的人看不见它们的活体，但是地球却是可以将它们“保存”下来的。遗憾的是，这并非事实，我们现在没有能够看见有多少过渡类型的变种埋藏在地壳之中。这又应该作何解释呢？

    达尔文用“地质记录不全”对此做了解释：“地壳是一座广大的博物馆，不过它所搜集的自然标本，并不完全，而且也只是在长久间断时期中进行的。”（中华书局 2012年版 精装本 《物种起源》 第191页）