稀有物种的形成原因非常复杂。以动物为例，食物短缺是一个显而易见的因素，因此食物链顶端的那些大型凶猛动物常常沦为“稀有”，它们的数量是受下级生物以及下级的下级所控制，所以看似强大的它们其实生存能力是很弱小的。那些食物范围狭窄的“挑食动物”比如大熊猫等情况就更加糟糕。当然，这些动物在自然选择下，有的也在改变自己，比如狮子现在也不得不去吃腐肉，另外看见一个视频，由于食物短缺，本为草食动物的河马也去猎食斑马了。

    生活环境缩小和破坏，是造成物种稀有的又一个因素。同时，由于一些动物因具有较大的经济价值而遭人类的大量的捕杀，藏羚羊就是最好的一个例子。其实藏羚羊本属草食动物，生存能力是很强的，过去它数量锐减的原因，就是因为人为偷猎。现在藏羚羊受到了有效的保护，其数量也就随即迅速地恢复起来。另外，有些动物的性欲不强也使得它们成为“稀有”。

    从进化与生存斗争角度来看，优势种在数目上的增加，就会致使不优势的物种的数目减少而稀有起来，稀有是灭绝的前奏。稀有物种在任何一定的时期内的变化或改进比较缓慢，因而在生存斗争中，不免被那些较普通的物种的已经变异进化后的更为优秀的后代征服。越广大和越开放的空间对稀有物种的生存越为不利，隔离是对他们的一种保护。像澳洲的鸭嘴兽就是因为它们生活在十分有限的区域，所遭遇到的竞争即不复杂也不剧烈，因此幸运地生存到现在，成为“活化石”。