第三步原虫清理
在体内寄生虫清理后，进行原虫------球虫、毛滴虫的清理。
球虫、毛滴虫的清理方法是每位鸽友都非常熟悉的事情，在此相说的是本人的几点体会。
1、球虫
鸽球虫病是一种世界性禽病，由一种孢子虫纲的原虫--球虫引起，可导致鸽子下痢、肠炎，几乎所有的鸽子都是带虫者，并由饲料、水、粪便等不断传播，在天气潮热、鸽子营养缺乏、免疫力低下等情况时多发。在冬季，相对来说，种鸽球虫发病的情况比较少见。因此，如果种鸽的粪便干燥成型，就不需要进行球虫处理；如果有部分种鸽粪便不是很好，怀疑有球虫感染，那就进行二天的球虫用药。
在这里要特别注意的是由于球虫很容易出现抗药性株，所以新的抗球虫亦不断地开发。但是球虫有一个特性，即停止使用具耐受性之药物一段时间后，球虫即可恢复对该药之敏感性。因此我们不能长期使用一个品牌或同一个成分的球虫药，在每隔一段时间之后，就要更换另一种抗球虫药。
本人更喜欢使用中药抗球虫药，副作用小，疗效好，不会出现抗药的情况。
2、毛滴虫
鸽毛滴虫分布很广，任何年龄、任何品种的鸽子均可存在。相对来说种鸽少量感染症状不明显，但在配对前一定要做一次比较彻底的清理，如果清理不好，关系到幼鸽的生长发育。
鸽毛滴虫的清理用药在这里不再详细介绍，一般的药物都很好用，本人的建议是与氧氟沙星类药共同使用效果会更好。
球虫药对鸽子的肝脏影响较大，所以使用球虫药之后，要进行必要的肝脏护理，可以用现成的肝精兑水护理二天，维生素电介质一天，毛滴虫药甲硝锉等主要是对消化系统的损害，最好使用配有肠道修补及护肝素的专用鸽药进行清理，之后进行二天的维生素电介质饮水。
