尽管人工选择的效果非常明显，对人的意义也非常重大。但是用短暂的、绝对相同的时间尺度作为条件来比较人工选择和自然选择的力度是不科学的。之所以说不科学是因为任何比较都需要在一种等同的条件下进行，这是逻辑学的一个基本原理。这里看似公平的“绝对相同”的时间，恰好不是一种“等同的条件”，这就好像一天，对于人来说只是三顿饭的间隔罢了，而对于一些微生物却意味著全部的生命历程。
自然选择的伟大意义在于，它能够使得生物个体具有的任何优秀性质，无论是多么的微小，都将得以保存并繁殖。相反，任何有害的变异，无论它的危害程度如何轻微，也将必定会被淘汰。有些科学家就是从这个角度来定义自然选择的，即有利于个体变异的保存和有害于个体变异的消除就叫自然选择。当然，那些对于生物个体即没有好处也没有坏处的变异性状，则不受自然选择作用的影响。
可以说自然选择是每时每刻都在检查着世界上所有细微的变异，把坏的给予剔除，把好的给予保留。不论何时何地，只要一有机会它就会脚踏实地、兢兢业业、不计报酬地进行工作，将各种生物与有机的及无机的生活条件的关系加以改进。因此蓝天主人个人认为：从宏观的生态意义上说，这无异于一种对物种强有力的保障机制。在所有的场合中自然选择都将保证遗传下来得变异特征都是无害的，否则这种物种将遭到灭绝。
人工选择却不能完全做到这点，因为人工选择是根据人类的好恶和用途而进行的。当人类的认识出现错误的时候，有害的变异特征就出现了。这种有害可能即是对于生物来说的，也是对于人来说的。比如，过去的鸽谚说“有白道行深”，意思是说白色羽毛的赛鸽十分有用，不会使翔白鸽的鸽友水平很低。白鸽真的那么中用吗？事实证明，在地方赛和公棚赛的优胜鸽里白鸽寥寥无几。而我们知道“鹰类的捕食，全仗眼力，而白色的鸽子，最容易受害。”（中华书局 2012年版 精装本 《物种起源》 第101页）那我们总去繁殖那些不能进奖却总被鹰类捕获的品种，意义又在哪里呢？
