由于问题本身的特殊性、复杂性和重要性，达尔文的进化论自诞生之日起就一直遭到一些人的质疑，直至今天。当然现在质疑的人数已经很少，质疑的内容也相对有限。过去质疑的人数就很多，而且质疑的内容很广泛。更多的情况是，在整体肯定的基础上对局部发生异议，或者在整体异议的基础上对局部进行肯定。达尔文对此自然心中有数。
比如上文中提到的生物学者布隆先生就提出：有许多生物性状对于生物本身似乎全无用途，因而不能受自然选择的影响。他列举各种野兔和鼠的耳与尾的长度，许多动物牙齿上复杂的珐琅质皱纹，以及其他类似的情形作为例证。布隆先生的异议当时得到了学者布罗卡所附和。
关于植物，当时的学者奈格里先生曾经在一篇“精辟”的文章里有许多的论述。他虽然承认自然选择的力量很伟大，但是他也坚持地认为植物各科间主要是以形态上的性状为区别，而这些性状却似乎与物种的福利关系不大。因此，他相信生物有一种内在的倾向，使之照进步和更完善的方向发展。奈格里先生特别指出组织内细胞的排列，茎轴上叶子的排列，自然选择不能对它们发生作用的例子。除此之外，还有花的各个部分的数目，胚珠的位置，种子的性状等等。
对于这些异议，达尔文均作出了符合逻辑和科学客观的解释。
