或许是预想到可能对自己今后研究工作带来的负面影响，达尔文对婚姻大事也有着科学家的谨慎，后来的事实也证明了这种谨慎的必要性和前瞻性。据说，当时他拿了一张纸，在纸的中间划了一条线。线的一边写了结婚的好处，另外一边写了单身的好处。通过比较证明认为结婚的好处大于单身的好处，所以得出了“必须结婚”的结论。
 

    青梅竹马的表姐爱玛.韦奇伍德比达尔文大一岁，她冰雪聪明、心地善良，正是达尔文心仪的那种贤妻良母型女子。他们不仅两情相悦，而且双方家人也倾力撮合。水到渠成的结婚之后，他们拥有了一个非常幸福的家庭。这段看起来几乎接近完美的因缘，事实上却隐藏了一丝隐患，即他们的信仰不同。达尔文是个无神论者，而爱玛却是一个基督徒。爱玛虽然很爱自己的丈夫，一直给了达尔文无微不至的关爱和照顾，尽到了身为人妻的种种责任和义务。但可能正是因为有了真爱，所以爱玛心中就出现了一种巨大的恐惧，她害怕自己死后要和丈夫永远的分手。因为她确定自己肯定是要去天堂的，而不拜上帝的丈夫则不知将去何方。不过，宽厚的爱玛并没有对达尔文要求过多，只希望他能够在信仰的领域里保持适度开放的态度。

    他们共同深爱的女儿安妮的去世是这个家庭里的一次重大事件。就是在这种背景下，笃信基督教义的爱玛也没有像别人那样去认为安妮的病故是上天对自己嫁了一个不信上帝的男人这样“不道德”的行为的惩罚。看见安妮停止呼吸，达尔文也病倒在床上。他对爱玛说：“我们更需要互相珍重。”爱玛回答道：“你要记住，你永远是我最珍贵的宝藏。”后来每到周日，达尔文就陪着妻儿去教堂。爱玛与孩子们进去做礼拜，他就孤身漫步于小镇的风中。