对于各种异议，达尔文认为，首先得十分谨慎来判断哪些结构对于物种来说是目前或者曾经有用的。其次我们必须时常记住，当一个部分发生了变化，其他部分也会如此。由于一些不太清楚的原因，比如一个部分受到养料的增加或减少，或是各部分间相互的压力，或是发生变化较早的部分影响到较晚的部分等等。凡此种种的一切原因，为了方便起见，其实我们都可以把它包括在“生长律”之内。再次我们必须考虑到生活条件变化所引起的直接的和确定的作用和所谓自发变异，其中环境性质显然起着很次要的作用。
关于所假定的许多部分或器官缺乏作用这一点，必须指出，即在最熟悉的高等动物也有很多很发达的结构，它们的重要性虽无可疑，但是它们具体的作用至今不甚明了，或者刚刚知道。至于布隆先生举出在多种鼠类耳朵和尾巴的长度，作为构造没有用途却呈现差异的例子，现在的研究已经说明了其错误性。普通鼠类的外耳上具有很多以特殊方式发布着的神经，无疑那是作为触觉器官的。因此，耳朵的长度就不会是不重要的。而鼠类的尾巴是一种很有用的捏握器官，它作用的大小与它的长度关系密切。
关于奈格里论文里所提出的植物问题，达尔文解释说：“兰科植物所呈现的许多奇异构造，数年以前大都被认为仅有形态上的区别，而没有特殊作用。可是现在我们知道，这些构造通过昆虫的帮助，对于受精有非常重要的关系，并且大概是通过自然选择作用而获得的。两型性植物和三型性植物的雌性蕊，长短不同，排列方式各异，一直到最近没有人会想象这有什么用处，但是现在却明白了。... ...”（中华书局 2012年版 精装本 《物种起源》 第239页）
