辩证法是一种科学的世界观和方法论，是我们看待宇宙万物和处理人生问题的根基。辩证法的核心思想是：事物都是相对的、运动的、变化的；永恒的、静止的、绝对的东西是不存在的。因此达尔文进化论中关于生物器官总是趋于完善而不是真正完善的论断，在哲学层面上就得到了辩证法的充分肯定。
然而，就在达尔文那个时代有位卓越而知名的自然科学学者就断言，达尔文学说最大的弱点就在于达尔文认为一切生物都是不完全的。
达尔文对此进行了温和的解释：“其实我想说的是，一切生物在它们对于生活条件的关系方面，还没有那么完全。”（中华书局 2012年版 精装本 《物种起源》 第234页）接着他进一步阐述道：“世界上许多地方的土著生物，常常让位给外来入侵生物便是一种确实的例证。纵使生物在过去的某一个时期完全适应于它们的生活条件，但若条件变迁，便不能维持现状，除非它们也随着起相应的变化。每一地域内的物理条件和土著生物的种类与数量，都是曾经多次变动的，这是没有人会反对的。”（中华书局 2012年版 精装本 《物种起源》 第235页）
