基于这样的事实，即物种是彼此如此分明，而没有无数过度的锁链使它们混淆在一起。所以达尔文曾经举出理由说明为什么这些锁链今日在明显极其极其有利于它们生存的环境条件下，也就是说在具有渐变的物理条件的广大而连续的地域上，通常不存在。他也想说明，每一个物种的生存，其依赖于其他已经存在的有机体，其实比气候因素更为重要，所以真正支配生活的条件，不是想温度和湿度那样地于完全不知不觉中逐渐消失。他还想说明，中间变种由于其个数通常较它们所连续的类型为少，因而在进一步的变异和改进的过程中，往往被淘汰和消灭。
然而无数的中间锁链目前在整个自然界中之所以没有普遍地存在，主要原因当在于自然选择作用本身。因为通过这一作用，新的变种不断地代替并排挤了它们的亲型。这种灭绝过程曾经大规模地发生了作用，按比例来说，可知先前生存的中间变种一定确实是大规模存在的。那么，在每一地质层和每一地质层之间，何以没有充满这些中间的锁链呢？地质学确实未曾显示出这样的细微分级的锁链，这对于达尔文的进化论学说来说，是一种最明显、最严厉的打击。不过，地质记录不全完全可以帮助达尔文解释这点。
根据达尔文的学说，当观察任何两个物种的时候，我们很难避免不想象到直接介于它们之间的那些类型。但是这是完全不正确的观点，永应追寻介于每一物种和它们的共同的但我们未知的原祖之间的那些类型。而这原祖和它所有已经变异的后代相比，一般在某些方面是有不同的。
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