初次杂交的以及杂交的能育性，与纯粹物种相比，更容易受不良条件的影响。不过，初次杂交的可育性本身也有变异：两个同样的种，在同样的情形下进行杂交，它们能育性的程度并不总是一样，这还和实验时恰巧所选用的个体的体质有部分关系。杂种的能育性也是如此，同一果实内的种子，在相同条件下培育出的个体，它们能育性的程度却有很大的差异。
所谓分类系统上的亲缘，是指物种之间在构造上和体质上的一般类似性。物种初次杂交的以及所产生杂种的能育性，大概视它们的亲缘关系而定。一切被分类学列为不同科的种，从没有产生过变种。反之，，密切近似的物种，通常容易杂交，就非常清楚地说明了这点。可是系统的亲缘关系和杂交的难易之间，又不一定有严格地关联。
有许多事实，可以指出非常密切近似的种，并不能杂交，或者仅是极难杂交；在另外一个方面却有不同的种，却能够极其容易地杂交。在同一科之内，也许有一个属，如石竹属，在这一属内有许多极其容易的杂交的种；又有一属，如麦瓶草属，其中虽极其近似的种。用尽种种方法进行杂交，却不能得到一个杂种。甚至在同一属之内，也可以遇见同样不同的情形，例如烟草属内有许多种，彼此能够广泛地杂交，为其他任何属所不能及；但是有一种叫尖叶烟草的，虽然不是一个奇异的种，却极难杂交。
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